UniversidaddeCádiz

- Definición e importancia de los recursos genéticos
- Genética y conservación
- Variabilidad genética
- Importancia del os recursos genéticos
- Programas de conservación

Conocer los principales marcadores utilizados para analizar la variabilidad genéticas de los stocks pesqueros y acuícolas, así como la metodología, interpretación y aplicabilidad de los mismos.

- Tipos de marcadores genéticos, su utilidad, diseño y aplicación.
- Identificación de especies por marcadores genéticos.
- Trazabilidad de especies.
- DNA barcoding (utilización de códigos de barras en acuicultura).

Desarrollar la metodología necesaria para llevar a cabo la identificación de distintas especies de merluzas mediante el uso de marcadores moleculares.

- Introducción teórica: interés comercial de la merluza
- Utilización de la base de datos GenBank del NCBI para disponer de secuencias génicas de interés.
- Búsqueda de polimorfismos mediante:
* Utilización del programa CLUSTALW de alineamiento de secuencias génicas
* Utilización de programa FastPCR de búsqueda de dianas de restricción
- Utilización de la herramienta ¿virtual gel toolv_1.xls¿

Conocer los principios que rigen la conservación de los recursos genéticos en poblaciones grandes, silvestres, así como la modelización y expresiones matemáticas que rigen el estudio de cambios evolutivos producidos por selección, mutación y migración.

- Introducción a la Genética de la conservación: poblaciones grandes vs pequeñas
- Selección y cambios en frecuencias alélicas. Coeficiente de selección.
- Efectos dela mutación en las frecuencias alélicas de una población. Equilibrio mutación-selección.
- Migración y evolución de las poblaciones. Caso práctico.

Analizar la estructura genética de las poblaciones utilizando diferentes parámetros obtenidos a través del software Genetix. Discriminar marcadores no informativos.

- Introducción del caso práctico.
- Archivos de entrada de datos para el programa Genetix.
- Tablas resumen de datos de entrada en Genetix.
- Análisis de variabilidad en Genetix.
- Análisis de datos de salida de variabilidad genética en Genetix.

Conocer las distancias genéticas entre las poblaciones, su relación filogenética y el flujo genético entre ellas; aplicando funciones básicas de los softwares Phylip, Treeview y Genclass.

- Archivos de entrada de datos para los programas Phyllip, Treeview y Genclass.
- Obtención de matriz de distancias con Phylip.
- Obtención de árboles filogenéticos con Phylip y visualización con Treeview.
- Análisis del flujo genético con Genclass.
- Análisis de los resultados obtenidos.

Estudiar la calidad del DNA de distintas especies de peces y moluscos.

- Extracción de DNA a partir de músculo de espáridos, salmónidos y ostras.
- Cuantificación de las muestras de DNA
- Visualización del DNA en gel de agarosa y valoración de la calidad del DNA

Identificar espáridos mediante la utilización de marcadores moleculares específicos de especie.

- Dilución de las muestras de DNA de las distintas especies de espáridos.
- Realización de PCR simple
- Realización de PCR multiplex
- Visualización de resultados en gel de agarosa.
- Interpretación de resultados

Diferenciar e identificar mediante PCR cuantitativa (qPCR) salmónidos de otras especies de peces.

- Importancia comercial de los salmónidos
- Introducción teórica de la técnica de qPCR, parámetros de interés (Cq, curva estándar)
- Diseño de primers y sondas TaqMan para la diferenciación de salmónidos
- Preparación de reacciones de qPCR
- Diseño del programa y la placa y manipulación del equipo de qPCR
- Interpretación de resultados

Conocer la técnica de High Resolution Melting (HRM) y su aplicación en la identificación genética de especies marinas.

- Curvas de desnaturalización de alta resolución: concepto, metodología y aplicaciones.
- Validación y genotipado de SNPs en organismos marinos.
- Uso de HRM para la detección de poblaciones híbridas de moluscos marinos. Caso práctico.

Aprender herramientas genéticas que ayuden a la correcta gestión de un stock acuícola de reproductores.

- Gestión de reproductores.
- Determinación de parentesco y consanguinidad.
- Estimación del censo efectivo.
- Análisis genealógico.
- Diseños de programas de mejora genética.
- Selección genómica.

Aprender herramientas genéticas para propósitos de conservación en acuicultura.

- Escapes en piscifactorías y censo efectivo.
- Gestión de programas de conservación.

- Objetivos del control del sexo en peces
- Diferenciación y determinación sexual
- Determinación del sexo en peces
- Epigenética
- Temperatura y epigenética en la determinación del sexo

Conocer los principios que rigen la conservación de los recursos genéticos en poblaciones pequeñas, como las cultivadas, así como la importancia de la pérdida de variabilidad genética, la depresión por consanguinidad y la deriva genética en estas poblaciones.

- Pérdida de variabilidad genética por reducción de heterocigosis
- Medida de la deriva genética en poblaciones pequeñas y sus consecuencias.
- Tamaño efectivo de las poblaciones vs tamaño censal.
- Coeficiente de consanguinidad.
- Fragmentación de habitats y estudio de índices F (Fst, Fit, Fis).

Conocer los diferentes tipos de mapas genéticos existentes y su aplicación en el estudio genético de organismos marinos de interés comercial y como organismos modelo.

- Base teórica de mapas de ligamiento. Puntuación LOD y familias de referencia.
- Mapas genéticos, marcadores y QTLs (Quantitative Trait Loci). Mapas de ligamiento de organismos marinos.
- Programas bioinformáticos en el estudio de los mapas de ligamiento.
- Mapas físicos y mapas citogenéticos en organismos marinos. Genómica comparativa.

Conocer la base teórica de los mapas genéticos integrados, así como comprender los principios de la secuenciación de genomas de organismos marinos.

- Introducción a la genómica: conceptos y ejemplos.
- Técnicas de secuenciación de genomas completos (Next Generation Sequencing, NGS): 2ª y 3ª generación.
- Análisis bioinformático de genomas: ensamblaje y anotación.
- Análisis comparado de genomas: mapas genéticos integrados.

Seminarios relacionados con el temario de la asignatura

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